La prima società scientifica lituana nacque nel 1907. La chiusura dell'Università di Vilnius da parte dei russi nel 1832 aveva inferto un duro colpo alla ricerca scientifica nel Paese. Il vero sviluppo di questo tipo di studi si verificò infatti solo nel periodo tra le due guerre, quando la repubblica indipendente incentivò diversi tipi di ricerca. Biologi, geologi, chimici, fisici, matematici ed anche linguisti e filosofi, ottennero risultati significativi, soprattutto in seno all'Università di Kaunas. 

Nel 1941 fu fondata l'Accademia Lituana delle Scienze su modello delle analoghe istituzioni sovietiche. Anche se molti scienziati erano ormai emigrati all'estero, gli istituti di ricerca si moltiplicarono, inseriti nel sistema scientifico dell'URSS (oggi ne esistono ben 46, oltre a 16 dipartimenti di specializzazione accademica, in cui lavorano oltre 15 mila scienziati). Il notevole sviluppo degli studi fu comunque condizionato dai programmi di ricerca sovietici, che spesso avevano poco a che fare con le esigenze immediate dell'economia lituana. 

Furono privilegiate le scienze naturali e la tecnologia a scapito delle materie umanistiche e sociologiche. Ottimi risultati sono stati comunque raggiunti in diversi campi, come la matematica statistica, la cibernetica, la fisica nucleare, la biochimica, la medicina e la zoologia. Tra i principali istituti di ricerca scientifica vi sono l'Università Tecnologica e l'Accademia di Medicina di Kaunas e l'Università Tecnica di Vilnius; mentre per gli studi umanistici il centro più importante è l'antica Università di Vilnius. 

Oggi in Lituania esistono 789 scuole elementari, 590 medie e 710 secondarie, 108 istituti tecnico-professionali e 16 scuole di specializzazione. Dopo l'indipendenza da Mosca il sistema educativo nazionale è stato riformato in senso più liberale ed è stato reintrodotto l'insegnamento della religione.